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蛋白質中のプロトン移動経路・水分子鎖のpKaを求める

photosystem IIでは水分解・酸素発生触媒サイトMn4CaO5錯体より水分子が水素結合で連なって一本の水素結合ネットワークを形成しています。これがO4-water chainです。

図 photosystem II水分解・酸素発生触媒サイトMn4CaO5(右下)から副産物であるH+を反応場から速やかに除去するためのO4-water chain(青メッシュ)

pKaはプロトン移動のdriving forceを与えるものですが、O4-water chain内の各水分子のpKaなんて求めることができるのでしょうか?ここで諦めずに私たちがとったのは次の作戦です。

1H NMRケミカルシフトに基づいたpKa計算手法開発とその応用

水素結合において、1H-NMRのchemical shift(δH)はプロトンがどれほどドナー側からアクセプター側へ引き寄せられているかを示す指標でもあります。この値が大きいほど、(普段はドナー側にいるのが楽なはずの)プロトンはアクセプター側に引っ張られています。(これを聞くだけでも、勘のいい人なら、水素結合ポテンシャルとの対応を頭に思い浮かべると思います。)ここから私たちは次のように考えました:「もしかしてこの性質を利用して、chemical shiftを計算することによりpKaを求められるのではないか?」。灯台もと暗しで、案外こんな基本的な研究もあまりやられていないようです。そこで本当にpKaとchemical shiftに関係があるか、様々な水素結合ペアのpKa差とchemical shiftをプロットしてみました。結果として、私たちは、このδHの値が水素結合を形成する2分子のpKaと非常によく相関することをつきとめました。

図 水素結合ペアにおけるpKa差(横軸)とchemical shift(縦軸)

同様な手法で、蛋白質中におけるO4-water chainの水分子間のpKa差を求め、最終的にMn4CaO5錯体から水分子鎖を下っていくときにどのようにpKAが変化するかを明らかにしました。

図 Mn4CaO5錯体が光駆動型電子移動により酸化(S0→S1)されると、Mn4CaO5錯体のO4部位のpKaが急激に下がり、プロトン移動が誘起される

これらの手法やpKa値は石北研究室で決定したものであり、以下の論文に記載されています。引用してご活用ください。

Tomohiro TakaokaNaoki SakashitaKeisuke Saito, and Hiroshi Ishikita*
J. Phys. Chem. Lett. (2016) 1925-1932
“pKa of a proton conducting water chain in photosystem II”
Journal Pubmed